Zasady przyjęcia studentów na realizację pracy magisterskiej w Zakładzie Mikrobiologii Farmaceutycznej WUM
Prace magisterskie w Zakładzie Mikrobiologii Farmaceutycznej mogą realizować zarówno studenci kierunku Analityka Medyczna, jak i Farmacja.
Pierwszeństwo w przyjęciu na realizację pracy mają członkowie Studenckiego Koła Naukowego przy ZMFiB oraz studenci zainteresowani mikrobiologią i tematyką badawczą prowadzoną w Jednostce. Student decydujący się na realizację pracy magisterskiej w ZMFiB wyraża zgodę na członkostwo w SKN działającym przy Zakładzie. Mile widziane są osoby, które wybrały w toku studiów na kierunku Farmacja blok fakultatywny „Farmacja Przemysłowa i Biotechnologia Farmaceutyczna”.
W ostatecznym zakwalifikowaniu studenta będzie brana po uwagę również ocena końcowa z przedmiotu Mikrobiologia/Diagnostyka Mikrobiologiczna uzyskana na III roku studiów oraz rozmowa z opiekunem/promotorem pracy.
Aktualne tematy prac magisterskich:
• Prof. Agnieszka Laudy
Farmacja
Badanie wpływu ekspozycji na oktenidynę i chlorheksydynę u szczepów bakterii Gram-dodatnich.
Opis – W pracy będą prowadzone badania na szczepach wzorcowych i klinicznych z rodzaju Staphylococcus, w tym opornych na antybiotyki beta-laktamowe,
i Enterococcus, w tym opornych na glikopeptydy. Wyjściowym etapem pracy będzie: (I) określenie aktywności antyseptyków wobec badanych szczepów, oraz (II) uzyskanie dla badanych szczepów hodowli płynnych o wysokich gęstościach. Następnie w pracy będzie prowadzona ekspozycja szczepów na wysokie stężenia antyseptyków i badanie zmian wrażliwości u uzyskanych mutantów na zastosowane antyseptyki, a także na zmian w ich profilach lekooporności.
Analityka Medyczna
Analiza wpływu antyseptyków na pałeczki Gram-ujemne wytwarzające karbapenemazy typu KPC.
Opis – Antyseptyki są istotną bronią w zapobieganiu rozprzestrzeniania się szczepów wielolekoopornych, w tym w środowisku szpitalnym. Powstaje więc pytanie jaki wpływ mają antyseptyki na najgroźniejsze dla człowieka drobnoustroje alarmowe takie jak Enterobacterales produkujące karbapenemazy. W pracy będą prowadzone badania na szczepach wzorcowych i klinicznych z rodzajów Klebsiella i Escherichia. Metodami fenotypowymi i genetycznymi zostanie potwierdzona u tych szczepów oporność wynikająca z produkcji karbapenemaz typu KPC. Następnie szczepy te zostaną poddane długotrwałej ekspozycji na wzrastające stężenia antyseptyków. Dla uzyskanych mutantów zostaną przeprowadzone badania zmian w ich profilach lekowrażliwości
i zdolności do wytwarzają enzymów KPC.
• Dr Renata Wolinowska
Farmacja
Analiza bakteriofagów obecnych w mikrobiocie jelitowej szczurów wędrownych (szczep laboratoryjny).
Farmacja
Analiza bakteriofagów obecnych w mikrobiocie jelitowej danieli zwyczajnych
i innych przeżuwaczy.
Wiriom jest mało zbadanym elementem mikrobioty ssaków. Wysoka liczebność bakterii stanowiących mikrobiotę jelitową ssaków pozwala sądzić, że będzie tam obecna liczna reprezentacja bakteriofagów występujących jako wolne wiriony lub profagi. Celem obu prac będzie ocena liczebności bakteriofagów i wstępna charakterystyka gatunków wyizolowanych bakteriofagów.
• Dr Anna Pietruczuk-Padzik
Analityka medyczna
Ocena skuteczności wybranych związków antybiofilmowych wobec metycylinoopornych szczepów Staphylococcus aureus wyizolowanych z zakażeń skóry i tkanek miękkich.
Zakażenia wywołane przez MRSA stanowią jedno z największych wyzwań współczesnej mikrobiologii klinicznej, zwłaszcza gdy szczepy te tworzą trudne do zwalczenia biofilmy. W ramach realizacji tematu przeprowadzona będzie analiza, jak różne substancje zdolne do hamowania tworzenia lub niszczenia struktury biofilmu wpływają na oporne na metycylinę szczepy Staphylococcus aureus. Badania koncentrować się będą na porównaniu aktywności wybranych związków wobec biofilmów tworzonych przez kliniczne izolaty MRSA, co pozwoli na lepsze zrozumienie ich potencjału terapeutycznego. Uzyskane wyniki mogą przyczynić się do opracowania skuteczniejszych metod leczenia trudnych, przewlekłych zakażeń skóry i tkanek miękkich, w których biofilm odgrywa kluczową rolę.
Analityka medyczna
Badanie związku między formowaniem biofilmu a występowaniem genów oporności na karbapenemy u szczepów izolowanych ze środowiska klinicznego.
Proponowany temat dotyka jednego z najpoważniejszych wyzwań współczesnej medycyny – rosnącej antybiotykooporności. Karbapenemy często określane są jako „ostatnia linia obrony”, a pojawienie się bakterii zdolnych do tworzenia biofilmu
i jednocześnie posiadających geny oporności na tę grupę antybiotyków stanowi realne zagrożenie dla skuteczności terapii. Badania realizowane w ramach niniejszej pracy magisterskiej mają na celu sprawdzenie czy zdolność bakterii do tworzenia biofilmu jest powiązana z obecnością genów odpowiedzialnych za oporność na karbapenemy. Analiza obejmie ocenę zdolności do tworzenia biofilmu oraz identyfikację kluczowych genów oporności, co pozwoli lepiej zrozumieć mechanizmy szerzenia się wielolekoopornych patogenów w warunkach klinicznych.
• Dr hab. Joanna Stefańska
Analityka medyczna
Identyfikacja i charakterystyka lekowrażliwości różnych gatunków potencjalnie chorobotwórczych bakterii izolowanych ze środowiska.
Celem pracy będzie izolacja i identyfikacja różnych potencjalnie chorobotwórczych gatunków bakterii z wybranych powierzchni i ogólnodostępnych urządzeń w miejscach publicznych. W drugim etapie zostaną one scharakteryzowane pod względem lekowrażliwości na powszechnie stosowane antybiotyki i chemioterapeutyki przeciwdrobnoustrojowe. W badaniach zostaną wykorzystane zarówno klasyczne, jak
i nowe techniki mikrobiologiczne.
• Prof. Jakub Piwowarski
Analityka medyczna
Wpływ ekstraktów z mikołajka nadmorskiego (Eryngium maritimum L.) na powstawanie komórek przetrwałych oraz tworzenie biofilmu przez szczepy uropatogenne Escherichia coli (UPEC). Opiekun: mgr Maciej Obrębski
Zakażenia układu moczowego stanowią istotny problem terapeutyczny, a jednym z mechanizmów odpowiedzialnych za ich utrzymywanie i nawroty jest zdolność bakterii uropatogennych do tworzenia biofilmu i tolerancji antybiotyków w stanie tzw. komórek przetrwałych (ang. persister cells). W praktyce oznacza to, że nawet prawidłowo dobrany antybiotyk może nie usuwać całej populacji bakterii, co sprzyja nawrotom zakażenia. Dlatego poszukuje się związków, także wśród metabolitów roślinnych, które – obok klasycznych antybiotyków – mogłyby osłabiać tworzenie biofilmu i ograniczać powstawanie persisterów. Mikołajek nadmorski jest rośliną tradycyjnie wykorzystywaną w dolegliwościach układu moczowego, co czyni go interesującym źródłem potencjalnych substancji aktywnych. W ramach pracy zostanie wykonane profilowanie fitochemiczne (UHPLC-DAD-ESI-MS3) ekstraktów z E. maritimum, a następnie oceniane będzie ich działanie wobec UPEC, ze szczególnym uwzględnieniem wpływu na przeżywalność bakterii w warunkach stresu antybiotykowego oraz na tworzenie i utrzymanie biofilmu w warunkach in vitro.
Analityka medyczna
Mikrobiota psów jako źródło bakterii o aktywności przeciwdrobnoustrojowej: badania przesiewowe i charakterystyka wybranych szczepów. Opiekun: dr Aleksandra Tymoszewska
Rosnąca liczba zakażeń wywoływanych przez drobnoustroje oporne na antybiotyki stanowi jedno z największych wyzwań współczesnej medycyny. Tradycyjne metody leczenia coraz częściej okazują się niewystarczające, co intensyfikuje poszukiwania nowych związków o działaniu przeciwdrobnoustrojowym. Badania wskazują, że niektóre bakterie komensalne izolowane od zwierząt mogą wytwarzać związki hamujące wzrost patogenów, w tym peptydy przeciwdrobnoustrojowe. Mikrobiota psów obejmuje zróżnicowane społeczności mikroorganizmów zasiedlających m.in. skórę, jamę ustną oraz przewód pokarmowy. Dotychczas pozostaje jednak słabo scharakteryzowana pod kątem obecności szczepów wykazujących aktywność przeciwdrobnoustrojową. Celem pracy jest przeprowadzenie analizy przesiewowej bakterii pochodzących z mikrobioty psów w celu wytypowania szczepów zdolnych do hamowania wzrostu wybranych bakterii patogennych, a następnie ich wstępna charakterystyka. Realizacja pracy pozwoli ocenić, czy mikrobiota psów stanowi obiecujące źródło bakterii o aktywności przeciwdrobnoustrojowej, oraz stworzy podstawy do dalszych badań nad ich potencjalnym wykorzystaniem.
Analityka medyczna
Rola systemu sekrecji w formowaniu komórek przetrwałych w biofilmach uropatogennych szczepów Escherichia coli. Opiekun: Marcin Równicki
Celem pracy będzie zbadanie roli bakteryjnych systemów sekrecji w formowaniu
i utrzymaniu komórek przetrwałych w biofilmach uropatogennych szczepów Escherichia coli (UPEC) odpowiedzialnych za zakażenia układu moczowego. W części teoretycznej zostaną omówione mechanizmy powstawania biofilmu, zjawisko komórek persister oraz najważniejsze systemy sekrecji E. coli ze szczególnym uwzględnieniem ich znaczenia w patogenezie i oporności na leczenie. Część doświadczalna obejmie ocenę zdolności wybranych szczepów UPEC do tworzenia biofilmu i komórek przetrwałych w warunkach in vitro oraz analizę powiązania tych cech z obecnością i/lub ekspresją wybranych systemów sekrecji przy użyciu metod mikrobiologicznych i molekularnych. Wyniki pracy pozwolą lepiej zrozumieć, w jaki sposób systemy sekrecji sprzyjają przetrwaniu UPEC
w środowisku układu moczowego i mogą przyczyniać się do nawrotów zakażeń.
Farmacja
Shilajit (mumio) jako źródło metabolitów postbiotycznych. (praca teoretyczna).
Praca będzie dotyczyć charakterystyki shilajitu (mumio) jako naturalnej substancji
o złożonym składzie chemicznym, wykorzystywanej od wieków w Ajurwedzie jako środek o działaniu tonizującym i adaptogennym. W pracy zostanie omówione pochodzenie oraz skład chemiczny shilajitu, jego znaczenie w tradycyjnej medycynie Ajurwedyjskiej oraz aktualne badania aktywności farmakologicznej. Ich wyniki zostaną zestawione z aktualną wiedzą na temat chemizmu metabolitów postbiotycznych oraz znaczenia ich aktywności biologicznych.