Zakład powstał w 1950 r jako Katedra i Zakład Mikrobiologii i Higieny –mieścił się w budynku Państwowego Zakładu Higieny, a jego pierwszym kierownikiem był ówczesny dyrektor PZH –prof. dr hab. Feliks Przesmycki.
W latach 1953-1964 Katedrą i Zakładem kierował prof. dr hab. Roman Pakuła, a Zakład otrzymał lokal w Anatomicum–ćwiczenia z mikrobiologii dla studentów Farmacji odbywały się na sali ćwiczeń Zakładu Mikrobiologii Lekarskiej.
W latach 1964-1985 Katedrą i Zakładem kierował prof. dr hab. Władysław T. Dobrzański. Nazwa Zakładu została przejściowo zmieniona na Zakład Genetyki Molekularnej Instytutu Biostruktury, który był jednostką organizacyjną Wydziału Lekarskiego AM.
Następnie, od 1975r. Zakład wszedł ponownie w skład Wydziału Farmaceutycznego jako Zakład Mikrobiologii Farmaceutycznej i do roku 2023 mieścił się w budynku przy ulicy Oczki 3.
Aktualnie Zakład jest zlokalizowany w budynku Wydziału Farmaceutycznego przy ulicy Banacha 1.